La actividad eléctrica del cerebro es generada por las conexiones neuronales a causa de los impulsos aferentes que reciben. Las neuronas tienen la capacidad de generar señales eléctricas muy rápidas, que pueden ser conducidas a lo largo de las dendritas y de los axones. En la neurona existe un potencial de membrana a causa de la diferencia de cargas eléctricas negativas en el interior de la célula en comparación con el medio extracelular. Estas células nerviosas son capaces de recibir y conducir información por medio de señales eléctricas que cambian el valor de este potencial de membrana en reposo. Esta actividad eléctrica generada por el cerebro en condiciones normales puede recogerse e interpretarse gracias al electroencefalograma (EEG). Durante una situación normal de reposo, se registra una actividad eléctrica a una frecuencia de 8-13 Hz, localizado en las regiones occipitales, presente con los ojos cerrados y que se atenúa al abrir los ojos. Este ritmo llamado alfa representa el escaneo neuronal a causa del incremento eléctrico de las neuronas visuales, representando un sistema de repuesta primaria que incluye el córtex, el tálamo y el hipocampo que es independiente de cada persona ya que depende de los genes de cada individuo. Los ritmos alfa se han relacionado con la actividad eléctrica del córtex visual que además en sujetos con mala percepción visual se ve aumentada la amplitud de estas ondas
El uso de la estimulación intermitente fotópica es atribuido al Dr. Merrill Allen de la Universidad de Indiana que desarrolló el Trans-lid Binocular Interactor (TBI). Consiste en un par de pequeñas bombillas que se encienden y se apagan por medio de un circuito oscilador en una velocidad de 7-8 ciclos por segundo, es decir 7-8 Hz que corresponde aproximadamente al ritmo alfa cerebral. Las bombillas están separadas y deben estar a la distancia interpupilar del paciente que se encienden de forma que sólo enciende una cada vez, por lo que la estimulación en realidad es en un solo ojo en una alternancia muy rápida. En estas condiciones es muy difícil suprimir, la luz se enciende y se apaga tan rápidamente que el sistema visual no tiene tiempo a suprimir por lo que cuando va a desconectar un ojo la luz se apaga, entonces regresa al estado inicial y debe empezar de nuevo el proceso adaptativo. Teóricamente podemos decir que este ritmo alfa «enseña» al sistema binocular a integrarse en el córtex visual reduciendo la competencia binocular uniformizando las señales provenientes de cada ojo de manera que impide la supresión activa por un proceso recíproco de estimulación-supresión. Enseña al cerebro a «ver» que tiene 2 ojos y que deben funcionar del mismo modo equivalente, este proceso puede alterar el feedback entre los receptores NMDA y la sinapsis GABAérgica del córtex visual primario reconfigurando las columnas de dominancia ocular gracias a la plasticidad neuronal.
